Ngày 21/01/2021 Bệnh viện Bệnh nhiệt đới tiếp Đoàn kiểm tra bệnh viện của Sở Y tế TPHCM do PGS.TS. Tăng Chí Thượng – Phó Giám đốc SYT TP.HCM dẫn đầu đến bệnh viện kiểm tra chất lượng bệnh viện cuối năm 2020. Kết quả đánh giá bệnh viện đạt 4.31 cao hơn năm 2019 là 4.13. Mặc dù năm 2020 là giai đoạn đẩy mạnh công tác chống dịch COVID-19 và bệnh viện phải hỗ trợ cho bệnh viện Dã chiến Củ Chi và Bệnh viện điều trị COVID Cần giờ nhưng BVBNĐ đã có nhiều cố gắng, đẩy mạnh công tác cải tiến chất lượng, đầu tư cơ sở vật nên mới được thành quả này.

Hoạt động nghiên cứu khoa học, đặc biệt những nghiên cứu nổi bật về COVID-19 là một những thành tựu nổi bật mà SYT TP.HCM công nhận.