Theo quyết định số 4153/QĐ-SYT ngày 13 tháng 6 năm 2017 của Giám đốc Sở Y tế Thành phố Hồ Chí Minh về việc ban hành “Quy chế tổ chức và hoạt động của Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới”,  Bệnh viện là cơ sở thực hành để đào tạo cán bộ y tế ở bậc trên đại học, đại học và cao đẳng; tổ chức đào tạo liên tục cho các thành viên trong bệnh viện và tuyến dưới để nâng cao trình độ chuyên môn.